《福建省文物保護管理條例》規定，鼓勵有條件的市、縣設立涉臺專題博物館、紀念館，或者在博物館、紀念館內設立涉臺文物展區。同時，也鼓勵臺灣同胞對涉臺文物保護事業進行捐贈，或者投資涉臺專題博物館、紀念館等涉臺文物保護設施建設。
該《條例》也明確要求縣級以上人民政府應當加強對涉臺文物保護的領導，開展涉臺文物調查、征集和保護，發掘、展示涉臺文物豐富的歷史文化內涵、促進海峽兩岸文化交流和合作。
對于涉臺文物相對集中、體現海峽兩岸歷史關系的村鎮、街區，《福建省文物保護管理條例》提出，可以依法申報歷史文化名鎮、名村和歷史文化街區，其新建、改建、擴建的建筑物、構筑物和修繕具有代表性的傳統建筑，應當體現涉臺特色，反映兩岸歷史關系。
目前，福建登記在冊的涉臺文物達一千余處，其中列入全國重點文物保護單位的有三十三處。這些文物充分反映了千百年來大陸與臺灣之間政治、經濟、文化等方面的交流交往，體現了兩岸同胞同宗同源的血脈關系，具有相當高的歷史、藝術、科學價值。
為切實加強涉臺文物的保護利用，福建近年已著手對涉臺文物進行普查，研討海峽西岸文化遺產保護，編制涉臺文物保護規劃，修訂文物保護管理條例，并在泉州建設規模宏大的中國閩臺緣博物館，收集了大量珍貴涉臺文物史跡。
